Stortvloed aan onderzoeksdata ingedamd
Array
VU medisch centrum gaat de stortvloed aan onderzoeksgegevens kanaliseren in samenwerking met Amerikaanse collega’s. Daarvoor heeft VUmc het systeem caBIG (cancer Biomedical Information Grid) geïntroduceerd. caBIG maakt het mogelijk –oude- onderzoeksgegevens opnieuw en voor ander wetenschappelijk onderzoek te gebruiken. Nu gaan de gegevens na afloop van het onderzoek vaak verloren omdat niemand er meer bij kan. VUmc is de eerste onderzoeksinstelling op het Europese vasteland die caBIG gaat gebruiken.
Tot op heden verzamelen onderzoekers individueel gegevens voor hun eigen onderzoek. Zo maakt bijvoorbeeld iedere promovendus zijn eigen database. Als het onderzoek is afgerond is, gaat de onderzoeker vaak weg en zijn de gegevens niet goed meer door andere onderzoekers te gebruiken. Ook gaan de verschillende onderzoeksdisciplines steeds meer samenwerken, terwijl de gebruikte systemen voor data opslag nog niet met elkaar kunnen communiceren. Daardoor zijn de gegevens niet uitwisselbaar. Bovendien worden in het biomedisch onderzoek, zowel bij laboratorium onderzoek als bij beeldvormend onderzoek, steeds meer gegevens geproduceerd en wordt de data analyse steeds complexer. Dit probleem is niet uniek voor Nederland. VUmc-patholoog Gerrit Meijer ontdekte dat in de Verenigde Staten het National Cancer Institute (NCI) in Bethesda in Maryland (VS) een systeem heeft ontwikkeld om dit probleem op te lossen. Met dit systeem, caBIG, is het mogelijk grote hoeveelheden onderzoeksgegevens goed te beheren en te analyseren. Dat gebeurt op een gestandaardiseerde manier zodat na afloop van het onderzoek de gegevens nog toegankelijk blijven. Ook is het met dit systeem mogelijk gegevens uit te wisselen tussen onderzoeksgroepen, ook internationaal, wat belangrijk is bij grote samenwerkingsprojecten waaraan meerdere universiteiten meedoen.
Meijer: “Het klinkt eigenlijk als te mooi om waar te zijn, want het is een zogenaamd ‘open source’ systeem. We gaan caBIG inzetten voor allerlei translationeel onderzoek dat VUmc doet. Dus niet alleen voor kankeronderzoek maar ook onderzoeksgegevens over bijvoorbeeld reuma, coeliakie, hart- en vaatziekten en neurologische ziekten willen we met behulp van caBIG verwerken. Onze Amerikaanse collega’s zijn heel enthousiast over deze aanpak”
Het wordt dus tweerichtingsverkeer met de Amerikanen, is het plan van Meijer: “Want we willen ook meewerken om het caBIG systeem verder te verbeteren”. Zo gaat VUmc zijn expertise met de Amerikaanse collega’s delen.”
